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Title: Estudio comparativo entre dos métodos para la caracterización genotípica: de aislamientos clínicos del complejo mycobacterium tuberculosis
Authors: PEREZ MENDOZA, ANSIX
BOLADO MARTINEZ, ENRIQUE; 37510
Issue Date: Jul-2012
Publisher: PEREZ MENDOZA, ANSIX
Abstract: La tuberculosis es una enfermedad causada por un grupo de microorganismos pertenecientes al complejo Mycobacterium tuberculosis, que incluye a siete especies, entre las cuales existe una muy estrecha relación genómica. Las regiones consenso intergénicas repetitivas de las enterobacterias (ERIC, por sus siglas en inglés), fueron primeramente descritas en la familia Enterobacteriaceae y también están presentes en M. tuberculosis. La variabilidad de las regiones inter-ERIC (ERIC-PCR) ha permitido obtener un buen nivel de diferenciación genotípica, sin embargo, este procedimiento no ha sido comparado con las técnicas de genotipificación de referencia. En la actualidad una nueva herramienta de genotipificación: MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeats) se perfila como la mejor herramienta para la genotipificación de micobacterias pertenecientes al complejo M. tuberculosis. En el presente trabajo se compararon las técnicas de ERIC-PCR y MIRU-VNTR, para la genotipificación de aislamientos clínicos pertenecientes al complejo M. tuberculosis. Se realizó la extracción de ADN de 27 aislamientos clínicos humanos, previamente identificados mediante pruebas fenotípicas, en el Laboratorio Estatal de Salud Pública de Sonora. Adicionalmente se incluyeron 20 aislamientos clínicos humanos provenientes del Estado de México y 18 aislamientos provenientes del Estado de Veracruz. Se confirmó la identificación de 63 de los 65 aislamientos mediante técnicas genotípicas. Posteriormente se amplificaron, mediante PCR, 24 elementos MIRU para todos los aislamientos. Una vez formados los códigos numéricos, éstos fueron ingresados al programa BioNumerics, para formar agrupamientos, de acuerdo al grado de similitud, mediante el coeficiente de correlación de Pearson y el método UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean). De igual manera, se obtuvieron los patrones de bandas mediante ERIC-PCR y los perfiles de similitud se calcularon mediante el algoritmo Dice y el método UPGMA. Se evaluaron tres paneles de MIRU-VNTR (con 12, 15 y 24 loci). El panel de 12 MIRU-VNTR permitió diferenciar la mayoría de los aislamientos, a excepción de dos. Sin embargo, al utilizar MIRU-VNTR de 15 loci, se logró diferenciar la totalidad de los aislamientos, de igual forma ocurrió con MIRU 24. Al contrario de lo que se esperaba, no se observó la formación de grupos específicos por región geográfica, en ninguno de los paneles. Se seleccionó un panel con los 5 MIRU-VNTR más discriminatorios, los cuales permitieron la diferenciación de todos los aislamientos y la formación de grupos específicos por región geográfica. Se determinó el poder de diferenciación de cada uno de los páneles de genotipificación utilizando el índice de discriminación de Hunter-Gaston (HGDI). Se encontró que MIRU-VNTR de 12 loci obtuvo un HGDI=0.999, mientras que MIRU-VNTR de 15 y 24 loci, así como también el panel de 5 loci obtuvieron un HGDI=1, es decir, la puntuación más alta para este índice. Mediante la técnica de ERIC-PCR, se logró la diferenciación de algunos aislamientos, a pesar de que obtuvo el poder de diferenciación más bajo comparado con los diferentes páneles MIRU-VNTR aquí analizados, presentó un alto índice de discriminación (HGDI=0.992), por lo que representa una buena elección para la genotipificación preliminar de Mycobacterium tuberculosis.
Description: Tesis de maestría en ciencias de la salud
URI: http://148.225.114.121/jspui/handle/unison/2684
ISBN: 22638
Appears in Collections:Tesis de Posgrado

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