Caracterización genotípica, mediante ERIC-PCR, de aislamientos clínicos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de Beta-lactamasas de espectro extendido

Abstract

El presente trabajo consistió en genotipificar aislamientos clínicos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE), mediante la amplificación por PCR de las regiones consenso intergénicas repetitivas de las enterobacterias (ERIC–PCR, por sus siglas en inglés de enterobacterial repetitive intergenic consensus). Para ello, se recuperaron aislamientos provenientes de tres instituciones públicas de salud y un hospital privado, de la Ciudad de Hermosillo, Sonora, México, durante el periodo comprendido entre el 15 de febrero y el 15 de agosto de 2016. La identificación y pruebas de susceptibilidad a los antibióticos e llevaron a cabo utilizando los sistemas Microscan®, o Vitek®, resultando en un total de 215 aislamientos clínicos BLEE positivos. A estos aislamientos se les extrajo el ADN con un equipo comercial y posteriormente se procedió a la genotipificación mediante ERIC-PCR. Los productos amplificados se analizaron y se generaron dendrogramas mediante UPGMA y el coeficiente Dice. Para los aislamientos de K. pneumoniae, la genotipificación permitió diferenciar 13 patrones ERIC, todos diferentes para cada aislamiento analizado, mientras que los hallazgos fenotípicos mostraban dos grupos con dos y cuatro aislamientos idénticos. En el caso de E. coli, el agrupamiento con ERIC-PCR mostró seis parejas de aislamientos idénticos, no obstante, al utilizar todas las pruebas (fenotípicas y genotípicas), solo dos de los 202 aislamientos mostraron un perfil idéntico. Por otra parte, se compararon aislamientos de los que se contaba con su perfil de electroforesis en campo pulsado (PFGE) frente a sus perfiles ERIC. Los análisis revelaron que ambas técnicas mostraron 34 cepas diferentes de E.coli y ocho cepas diferentes de K. pneumoniae. Los hallazgos del presente estudio evidencian que incluir ERIC-PCR en la caracterización genotípica, como un método para la diferenciación de aislamientos clínicos tanto de K. pneumoniae como de E. coli en instituciones de salud de la ciudad de Hermosillo, Sonora tiene valiosa utilidad y un poder de discriminación comparable con el método de PFGE.