Obtención del genoma completo y estudios de genómica comparativa de Sinorhizobium fredii CEPA GR64 (Rhizobiaeae) a partir de la secuencia parcialmente ensamblada

Abstract

La bacteria Sinorhizobium fredii generalmente establece simbiosis con la leguminosa Glycine max, pero la cepa GR64, interactúa con Phaselous vulgaris, mas no con G. max. Uno los plásmidos de la GR64, el pSfrGR64a, es una molécula quimérica originada a partir de la transferencia horizontal de un replicón de Rhizobium etli y eventos de recombinación entre dicho replicón y el cromosoma de S. fredii. Debido a las peculiares características de GR64, su genoma completo fue secuenciado, ya que los datos obtenidos a partir de la secuenciación de genomas clarifican los patrones en el flujo genes. En el borrador de la secuencia del genoma completo de GR64 se obtuvieron 216 contigs (>500 pb), de los cuales 146 fueron localizados en 24 scaffolds. Los contigs, presentan huecos o gaps entre ellos, y aunque los programas bioinformáticos disminuyen la cantidad de gaps, no son capaces de dilucidar la secuencia completa del genoma, por lo que es necesario determinarla mediante secuenciación por el método de Sanger. El objetivo de este trabajo fue determinar la secuencia completa de GR64, obteniendo las secuencias de los gaps mediante estrategias bioinformáticas y de biología molecular, con el propósito de realizar estudios de genómica comparativa. Dichos estudios revelaron que el genoma de S. fredii GR64 exhibe las características de los genomas de rizobios, con un cromosoma conservado que contiene bloques de genes sinténicos al compararlos con otras cepas de la familia Rhizobiaceae, y plásmidos que presentan sintenia sólo con algunos genes; además, sugieren que los plásmidos pSfrGR64a y pSfrGR64b tienen un origen reciente, reforzando la teoría de que ambos fueron adquiridos mediante un evento de transferencia horizontal. El megaplásmido pSfrGR64c presenta características que lo distinguen de los otros plásmidos, que pudieran catalogarlo como un cromosoma secundario.