Identificación de bacterias obtenidas de efluentes camaronícolas mediante evidencia fenotípoca y molecular

Abstract

Las bacterias tienen una importante participación en la descomposición de materia orgánica y un enorme potencial en el área médica, biotecnológica y biorremediación. Uno de los problemas que enfrenta la microbiología es lograr cultivar a estos microorganismos, además que la información fenotípica existente para la identificación de bacterias es insuficiente. Sin embargo el gen 16S ARNr permite resolver los problemas taxonómicos, el cual es utilizado debido a su universalidad, tamaño y secuencias conservadas. En el presente trabajo se aislaron cepas provenientes de efluentes camaronícolas en el Estado de Sonora con el objetivo de identificarlas. El ADN se obtuvo con el Kit DNeasy Blood & Tissue de QIAGEN. La amplificación del fragmento 16S ARNr se llevó a cabo con la técnica Reacción en Cadena de la Polimerasa. Para la edición de las secuencias se utilizó el programa Chromas-Pro 1.41. Se llevó a cabo un análisis de las secuencias homólogas en el programa Basic Local Alignment Search Tool. Para la construcción del árbol filogenético se utilizó el método de Máxima Verosimilitud con un análisis de bootstrap para 1000 pseudoréplicas, con el software PAUP* 4.0. El análisis en el GenBank arrojó que las secuencias de las cepas E‒4G, E‒4D, NFg.12 y 5M7.13 tienen una similitud del 99% con los géneros Halomonas, Methylophaga, Phaeobacter y Muricauda respectivamente, mientras que la cepa RoG.13 presentó una similitud del 100% con el género Roseivirga. Las características fenotípicas de estos géneros coinciden con las cepas bacterianas de estudio. El análisis filogenético confirmó que las cepas E‒4G, E‒4D, NFg.12, 5M7.13 y RoG.13 mantienen una estrecha relación con los géneros Halomonas, Methylophaga, Phaeobacter, Muricauda y Roseivirga respectivamente, las topologías demuestran que las familias incluidas que engloban a estas secuencias forman grupos monofiléticos para los fila Proteobacteria (incluyen las cepas E‒4G, E‒4D y NFg.12) y Bacteroidetes (5M7.13 y RoG.1).