Evaluation of the effect of G530A (calpain), C357G (calpastatin), G1795A (myopaladin) and G1181A (PPARGC1A) SNPs, on beef tenderness of a region of Veracruz State, Mexico

Sanchez Mendoza, Ana Elvia

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/20.500.12984/4588

Title:	Evaluation of the effect of G530A (calpain), C357G (calpastatin), G1795A (myopaladin) and G1181A (PPARGC1A) SNPs, on beef tenderness of a region of Veracruz State, Mexico Evaluación del efecto de los SNPs G530A (calpaína), C357G (calpastatina), G1795A (miopaladina) y G1181A (PPARGC1A) sobre la terneza de carne bovina de una región del Estado de Veracruz, México
Keywords:	SNPs PCR-RFLP cattle meat quality tenderness SNPs PCR-RFLP bovino calidad de la carne terneza
Publisher:	Universidad de Sonora
Description:	Tenderness, an important characteristic for marketing beef, has been associated with genetic factors, such as single nucleotide polymorphisms (SNPs). The aim of this work was to analyze the genotypic and allelic distribution of G530A, C357G, G1795A and G1181A SNPs to establish an association with meat tenderness. Ninety samples of longissimus dorsi muscle were obtained. Tenderness was determined as a Warner-Bratzler shear force. SNPs genotyping was performed by PCR-RFLP. Using a generalized linear model (GLM), we evaluated the association between SNPs and tenderness. The effect of the alleles was determined by allelic substitution analysis. It was determined that the genetic group influenced tenderness (p <0.05). For C530A and G1181A SNPs, a lower frequency was obtained for the AA genotypes, while for C357G and G1795A SNPs higher frequencies were observed for the ancestral CC and GG genotypes. We found no genotypic or allelic association between SNPs and tenderness. This shows the importance of carrying out regional análisis of association between SNPs and quality characteristics to introduce them favorably through marker-assisted selection programs. La terneza es una característica importante para la comercialización de carne de bovino; el grado de terneza está asociado a factores genéticos como los polimorfismos de nucleótido único (SNPs). El objetivo de este trabajo fue evaluar los SNPs G530A, C357G, G1795A y G1181A como predictores de terneza. Se obtuvieron 90 muestras de musculo longissimus dorsi. La terneza se determinó como fuerza de corte de Warner-Bratzler. La genotipificación de los SNPs se realizó por PCR-RFLP. Se realizó una prueba de asociación entre los SNPs y la terneza mediante un modelo de efectos mixtos. Se determinó que el grupo genético influyó sobre la terneza (P < 0.05).  Para el SNP C530A se detectó baja frecuencia del genotipo AA (0.011), de forma similar para el SNP G1181A se obtuvo baja frecuencia para el genotipo AA (0.033), para los SNPs  C357G y G1795A se obtuvieron mayores frecuencias para los genotipos ancestrales CC (0.711) y GG (0.20), respectivamente. Los resultados establecieron que no existe influencia de estos SNPs (P > 0.05) sobre la terneza. Esto indica la necesidad de llevar a cabo un análisis de validación de los SNPs de interés, para poder introducirlos de manera favorable mediante programas de selección asistida por marcadores.
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